水污染防治的重点是：

　　保护饮用水源，防止水污染物直接排入饮用水水体，建立健全饮用水源安全预警和应急制度，严禁利用渗坑、渗井、裂隙排放废水。

　　防治工业污染，严把新建项目环境准入关，2009年起，停止审批向河流、湖泊排放汞、镉、六价铬等重金属或持久性有机污染物的项目，从严控制向湖泊排放氮、磷的项目；执行污染物总量控制，持证排污。

　　城镇污水和垃圾处理设施须按期建成并投运。

　　控制农业污染。在重点河流、湖泊划定畜禽禁养区，重点湖泊最高水位线外1公里范围内，严禁从事种植蔬菜、花卉等施用化肥强度大的农业活动。严禁施用高毒、高残留农药。

　　控制旅游业和船舶污染。河流、湖泊周边度假村、农家乐、旅游宾馆饭店等必须建设污水处理设施，实现达标排放。

　　削减内源污染负荷。开展湖泊底泥生态疏浚，禁止在水库、湖泊养殖珍珠，禁止在饮用水源保护区内围网、投肥、投饵养殖。2008年底前，取消重点湖泊禁养区内的围网养殖和肥水养殖。

　　加强生态保护和修复。禁止围湖造田、围湖养殖等缩小湖泊水面的行为。