超滤膜的污染是指水中的微生物、胶体粒子或溶质分子与膜发生物化相互作用或因浓度极化使某些溶质在膜表面的浓度超过溶解度，以及机械作用而引起在膜表面或膜孔内吸附、沉淀而造成膜孔径变小或堵塞，使膜产生透过流量与分离特性的不可逆变化现象。

物理清洗法最常用的是水力冲洗。水力冲洗又分等压冲洗（即膜两侧无压差）和压差反冲洗（即膜的两侧有压差）。一般来说，压差冲洗比等压冲洗效果好。

化学清洗法是采用化学清洗剂清洗。因污染的性质而异可分为：酸性清洗剂、碱性清洗剂、氧化性清洗剂和生物酶清洗剂等。、

酸性清洗剂常用：0.1mol/L HCL、0.1mol/L 草酸、1%～3%柠檬酸、1%～3%柠檬酸铵、EDTA等，这类清洗剂对去除Ca2+ 、Mg2+ 、Fe3+  等金属盐类及氢氧化物、无机盐凝胶层是较为有效的。

性清洗剂主要是：0.1%～0.5%NaOH水溶液，它对去除油脂类污染物有较好效果。

氧化性清洗剂如1.0%～0.5%H2O2、0.5%～1.0%NaClO、0.05%～0.1%叠氮钠等，对去除有机物污染有良好效果。

生物酶制剂如1%胃蛋白酶、胰蛋白酶等对去除蛋白质、多糖、油脂类的污染是有效的，清洗时温度控制在55～60℃处理效果更好，但要注意所用膜的耐温性能。化学清洗法一定要防止对膜的耐温性能。