一、反渗透设备的操作不当引起膜性能的损坏
1、反渗透设备中有残余气体在高压下运行，形成气锤会损坏膜
常有两种情况发生:
A、设备排空后，重新运行时，气体没有排尽就快速升压运行。应在2～4bar的压力下将余下的空气排尽后，再逐步升压运行。
B、在预处理设备与高压泵之间的接头密封不好或漏水时(尤其是微滤器及其后的管路漏水)当预处理供水不很足时，如微滤发生堵塞,在密封不好的地方由于真空会吸进部分空气。应清洗或更换微滤器，保证管路不漏。总之，应在流量计中没有气泡的情况下逐步升压运行，运行中发现气泡应逐渐降压检查原因。
2、反渗透设备关机时的方法不正确
A、关机时快速降压没有进行彻底冲洗。由于膜浓水侧的无机盐的浓度高于原水，易结垢而污染膜。
B、用投加化学试剂的预处理水冲洗。因含化学试剂的水在设备停运期间可能引起膜污染。
反渗透设备在准备关机时，应停止投加化学试剂，逐步降压至3bar左右用预处理好的水冲洗10min，直至浓缩水的TDS与原水的TDS很接近为止。
3、反渗透设备消毒和保养不力导致微生物的污染
这是复合聚酰胺膜使用中普遍存在的问题，因为聚酰胺膜耐余氯性差，在使用中没有正确投加氯等消毒剂，加上用户对微生物的预防重视不够，容易导致微生物的污染。目前许多厂家生产的纯水微生物超标，就是消毒、保养不力造成的。
主要表现为：出厂时，RO设备没有采用消毒液保养；设备安装好后没有对整个管路和预处理设备消毒；间断运行不采取消毒和保养措施；没有定期对预处理设备和反渗透设备消毒；保养液失效或浓度不够。
4、反渗透设备余氯监测不力
如投加NaHSO3的泵失灵或药液失效，或活性炭饱和时因余氯损坏膜。
二、清洗不及时与清洗方法不正确导致的膜性能的损坏
设备在使用过程中，除了性能的正常衰减外，由于污染而引起设备性能的衰减更为严重。EDI高纯水设备通常的污染主要有化学垢，有机物及胶体污染,微生物污染等。不同的污染表现出的症状是不同的。不同的膜公司所提出的膜污染的症状也是有一定的差异。
在工程中我们发现，污染时间的长短不一样，其症状也不一样。如：膜发生碳酸钙垢污染，污染时间为一个星期时，主要表现为脱盐率的迅速下降，压差缓慢增大，而产水量变化不明显，用柠檬酸清洗能完全恢复性能。污染时间为一年(某纯水机)，盐通量由最初的2mg/L上升为37mg/L(原水为140mg/L～160mg/L)，产水量由230L/h下降为50L/h，用柠檬酸清洗后,盐通量降为7mg/L，产水量上升至210L/h。
再者污染往往不是单一的，其表现的症状也有一定的差别，使得污染的鉴别更困难。
鉴别污染类型要综合原水水质，设计参数，污染指数，运行记录，设备性能变化及微生物指标等加以判断：
(1)胶体污染：发生胶体污染时，通常伴随着以下两个特性：A、前处理中微滤器堵塞得很快，尤其是压差增大很快，B、SDI值通常在2.5以上。
(2)微生物污染：发生微生物污染时，RO设备的透过水和浓缩水中的细菌总数都比较高，平时一定没有按要求进行保养和消毒。
(3)钙垢：可依据原水水质及设计参数进行判断。对碳酸盐型水而言，,如果回收率为75%时，设计时投加了阻垢剂，浓缩液的LSI应小于1；不投加阻垢剂时浓缩液的LSI应小于零，一般不会产生钙垢。
(4)可用1/4英寸的PVC塑料管插入组件中测试组件不同部位的性能变化进行判断。
(5)根据设备性能的变化判断污染的类型。
(6)可用酸洗(如柠檬酸、稀HNO3)，根据清洗的效果和清洗液判断钙垢，通过清洗液成分分析进一步证实。
(7)对清洗液进行化学分析:取原水、清洗原液、清洗液，三个样分析。