采用可编程序控制集中控制，操作简单。系统主机（反渗透）部分分为自动和手动两种控制方式。
  自动：选择开关选择自动状态系统自动启动。在运行状态时系统会检测各个水箱的水位状态、各部分的故障状态等，当某部分的条件满足时这部分自动开始产水，而其他不满足产水的部分继续待机，待条件满足后产水。
  各部分的工作流程如下：
  一级反渗透部分
  当原水箱水位低时，原水进水阀YV5开启把原注入原水箱。当水位达到一级反渗部分设定的启动水位时原水增压泵启动，一级反渗透进水电磁阀YV1开启，当延时3秒钟后一级高压泵启动，同时一级浓水电磁阀YV2开启。此时系统检测反渗透进水压力是否高于设定值，压力高时系统报警停机。如无故障系统在20秒以后关闭一级浓水阀YV2。当浓水阀关闭10秒后系统开始检测一级高压泵的进水压力，当压力低时系统报警停机。（一级低压故障报警时原水增压泵运行指示灯呈0.5秒间隔闪烁状态，要复位故障请按下一级高压泵手动启动按钮；一级高压故障时一级高压泵运行指示灯呈0.5秒间隔闪烁状态，要复位故障请按下一级高压泵手动启动按钮，故障复位后一级反渗透自动恢复产水状态）。如无故障一级反渗透系统进入自动产水状态，阻垢剂计量泵在一级高压泵开始运行时投加药剂。在自动产水过程中如若水箱水位条件不满足时系统会自动待机，当水位满足运行条件后又恢复运行。
  脱气部分
  当一级水箱水位达到脱气泵运行条件时中间水泵M3自动启动，延时2秒后脱气泵M4自动运行开始脱气。当中间水箱水满和一级水箱无水时脱气部分停止运行，待到水位满足运行条件后又自动恢复运行。
  二级反渗透部分
  二级反渗透部分的工艺流程和一级部分大体相同：
  前后水箱水位条件满足，二级增压泵M5启动、二级进水阀YV3开启，延时3秒后二级高压泵M6 启动，同时二级水阀YV4开启。此时系统检测二级反渗透进水压力是否高于设定值，压力高时系统报警停机，如故障系统在20秒以后关闭二级浓水阀YV4。（二级高压故障报警时二级高压泵运行指示灯呈0.5秒间隔闪烁状态，要复位故障请按下二级高压泵手动按钮，故障复位后二级自动恢复产水状态）。如无故障二级反渗透系统进入自动产水状态。在自动产水过程中如若水箱水位条件不满足时系统会自动待机，当水位满足运行条件后又自动恢复运行。
  手动：当选择开关手动状态时有效，并且外部的水位条件都满足才可以运行。在运行过程中当外部条件不满足时系统会停机。
  一级反渗透部分
  手动启动原水增压泵M1（面板上的原水增压泵手动启/停按钮，按一次启动、再按一次停止，其他同理），一级进水阀YV1同时开启。一级高压泵M2需在增压泵启动3秒后才可以启动，启动方法和增压泵相同。一级高压泵启动后检测出水侧高压保护信号同时浓水阀开启，延时20秒后自动关闭，阻垢剂量泵在一级高压泵开始运行时投加药剂。当浓水阀关闭10秒后检测一级高压泵进水侧压力，和自动时同样当两个压力故障任一个激活时系统停止并报警，故障的指示和复位方式与自动运行时相同，不同的是手动运行时当故障复位后不会恢复运行，要再运行需重新启动。无故障，则故障则一级反渗透进入产水状态。
  停机时先停止高压泵（再按一次按钮），然后再停止增压泵。
  脱气部分
  确认前后水箱水位状态和阀门状，在控制柜上分别启动中间水泵和脱气泵。条件不满足不能启动。
  二级反渗透部分
  手动启动二级增压泵M5，二级高压泵M6需在二级增压泵M5启动3秒后才可以启动，启动方法和增压相同。二级高压泵启动后检测出水侧高压保护信号同时二级浓水阀YV4开启，延时20秒后自动关闭。和自动时同样当二级高压力故障激活时系统停止并报警，故障的指示和复位方式与自动运行时相同，不同的是手动运行时当故障复位后不会恢复运行，要再运行需重新启动。无故障则二级反渗透进入产水状态。
  停机时先停止高压泵（再按一次按钮），然后再停止增压泵。
  纯化水泵、混床、清洗部分
  纯化水输送泵
  纯化水泵不受手动和自动控制，当阀门在运行状态时启动纯水泵即可，当对应的指示灯点亮时表示纯水泵在启动状态。纯水泵的输送管道上安装有压力保护开关，当压力低时纯水泵开始供水，压力高于设定值时停止供水，当压力下降到一定值后纯水泵自动继续供水如果不安装压力差开关时请短接I027和COM端。
  混床不受手动和自动限制，当阀门在运行状态时启动超纯水泵即可，当对应的指示灯点亮时表示超纯水泵（混床）在启动状态。超纯水泵的输送管道上安装有压力保护开关，当压力低时超纯水输送泵开始供水，压力高于设定值时停止供水，当压力下降到一定值后超纯水泵自动继续供水。如果不安装压力差开关时请短接I030和COM端。
  清洗泵
  清洗泵是用来清洗反渗透膜组件的，当确认可以运行清洗泵时用清洗泵启动/停止按钮启动即可，要停止再按一次。