芳香族聚酰胺么渗透复合膜元件在任何情况下都不应该与含有残余氯的水接触，否则将给膜元件造成无法修复的损伤。在对RO设备及管路进行杀菌、化学清洗或封入保护液时应绝对保证配制药液的水中不含任何残余氯。如果无法确定是否有残余的氯存在，应进行化学测定。在有残余氯存在时，应使用亚硫酸氢钠还原残余氯，并保持足够的接触时间以保证还原完全。
短期保存方法适用于那些停止运行5～30天的反渗透系统。此时反渗透膜元件仍安装在RO系统的压力容器内。保存操作的具体步骤如下。

• 用给水冲洗反渗透系统，同时注意将气体从系统中完全排出。
• 将压力容器及相关管路充满水后，关闭相关阀门，防止气体进入系统。
• 每隔5天按上述方法冲洗一次。