近年来，重庆市以实施《三峡库区及其上游水污染防治规划》和《重庆市“碧水行动”实施方案》为重点，全面加强库区水环境保护工作。
    
        一是开展饮用水源地环境综合整治，清理饮用水源保护区范围的所有工业污染源、市政排污口、餐饮娱乐船和网箱网栏养殖，确保人民群众饮水安全。
        
        二是努力推进环境基础设施建设。建成60座城市生活污水处理厂（含20座小城镇污水处理项目）、42座城市垃圾处理场（含16座小城镇垃圾处理项目），全市城市污水集中处理率和垃圾无害化处理率分别达到68%和72%，高于全国平均水平。
        
        三是开展老工业污染治理。完成三峡库区淹没工矿企业搬迁、破产和关闭1480户，完成65个工业项目污染整治。
        
        四是开展次级河流环境综合整治。完成桃花溪流域污染治理工程，实施清水溪二期工程，推进列入《规划》的“十一五”期间8条次级河流的整治。
        
        五是加强库区船舶污染和农村面源污染防治以及固体废物的清理等工作。四期蓄水库底固废清理工作进入自查验收阶段。
        
        六是加强生态保护与建设。完成退耕还林1577万亩，天然林保护公益林建设853万亩，三峡库区库周绿化带建设造林绿化70.1万亩，累计治理水土流失面积2.63万平方公里，全市森林覆盖率达到33%。
        
        截至目前，三峡库区水环境质量总体保持稳定。2007年，“三江”（长江、嘉陵江和乌江）重庆段8个国控断面水质全部满足水域功能要求，全市城镇集中式饮用水源地水质达标率达到98.2%，库区干流水质全部满足水域功能要求，长江干流水质经受住了蓄水以来的考验。