医院消毒供应中心在物品的清洗、消毒和灭菌环节中使用的水包括：自来水、软水、纯化水或蒸馏水，不同的环节用水标准也会有所不同。
根据《WS310.1-2016 医院消毒供应中心 管理规范》第10部分水与蒸汽质量要求：
10.1 清洗用水：应有自来水、热水、软水、经纯化的水供应。自来水水质应符合GB5749的规定；终末漂洗用水的电导率应≤15μS/cm(25°C)。
10.2 灭菌蒸汽：灭菌蒸汽供给水的质量指标见附录B的B.1。蒸汽冷凝物用于反映压力蒸汽灭菌器蒸汽的质量，主要指标见附录B的B.2。
清洗消毒灭菌质量与用水质量密切相关，一般说水的纯净度越高，清洗灭菌达到的质量标准越高，反之亦然。
第一部分： 清洗用水质量标准
在医疗器械、器具和物品的清洗消毒处理过程中，水起到了多种的作用，包括：
• 作为清洁剂或其它化学剂；
• 将机械力和热量传递到被清洗器械、器具及物品表面；
• 溶解水溶性污垢；
• 冲洗清洁剂；
• 机器清洗消毒处理时的高温消毒。
水中不利成分对清洗消毒处理方法和器械外观以及材料本身都会造成不良影响。因此，在设计卫生设施时就必须充分考虑水的品质。水中含有物质可能导致的问题：
基于规范的要求清洗用水主要分为：自来水、软水、纯化水或蒸馏水。以下为各类用水的定义、使用范围、质量标准或建议参数：
A. 自来水：
a) 定义：是指通过自来水处理厂净化、消毒后生产出来的符合相应标准的供人们生活、生产使用的水。
b) 使用范围：
• 器械、器具和用品清洗的基本用水；
• 手工清洗用水；
• 器械清洗的预冲洗用水；
• 以及制备软水、纯化水的水源。
c) 质量标准：自来水是对天然水进行卫生处理，达到生活饮用标准的水。其水质应符合：
• GB/T 5750.5《生活饮用水检验标准方法无机非金属指标》
• GB5749-85《生活饮用水卫生标准》。
自来水pH值为6.5—8.5；饮水细菌总数每毫升不超过100个，总大肠菌群每升不超过3个；硬度为450mg/L。
B. 软水：
a）定义：指的是不含或含较少可溶性钙、镁化合物的水。
b）使用范围：
• 软化水可用于手工或机械预清洗、清洗中间步骤。
软水是自来水经过离子交换树脂等方法软化处理而成，已去除部分钙镁离子，降低水的硬度，机械清洗时水温在60℃以下，不宜出现器械表面结垢的现象。
c）质量标准：
硬度对清洗有很大影响，硬度比表示水中钙、镁离子的溶解量，包括溶于水中的钙、镁、盐等的总量。
基于用机器为器械清洗消毒的处理经验，《器械保值清洗消毒处理》（红皮书）的推荐为：
C. 纯化水或蒸馏水：
a）定义：纯化水为经过离子交换法、反渗透法或其他适宜的方法制得，除去水中溶解的正负离子的水。
b）使用范围：
• 精密器械手工清洗；
• 器械的终末漂洗；
• 医疗器械、器具和物品的热力消毒。
c）质量标准：
《WS310.1-2016 医院消毒供应中心 管理规范》规定纯化水应符合电导率≤15μS/cm（25℃）。
由于目前还没有机器或人工清洗消毒处理的纯化水标准，《器械保值清洗消毒处理》（红皮书）建议使用压力蒸汽灭菌器的蒸汽用水标准。根据《WS310.1-2016 医院消毒供应中心 管理规范》附录B，专用蒸汽发生器进水污染物的最高含量要求：
第二部分：灭菌用水质量标准
灭菌用水一般分为压力蒸汽灭菌器专用蒸汽发生器用水和灭菌器循环泵冷却水。
A. 压力蒸汽灭菌器专用蒸汽发生器用水
a）使用范围：
灭菌器按蒸汽供给方式分为自发蒸汽发生器和外接蒸汽。蒸汽质量是灭菌成功的关键因素之一，影响蒸汽质量的因素主要是产生蒸汽气源用水的水质。对于自发蒸汽发生器的供水应使用纯化水。
b）质量标准：
根据《WS310.1-2016 医院消毒供应中心 管理规范》附录B，专用蒸汽发生器进水污染物的最高含量要求：
B. 灭菌器真空泵用水及热交换器冷却水
现代的高温高压蒸汽灭菌器在抽真空的过程中，往往使用水环式抽真空泵，依靠水的流动产生大量的的真空度。同时，在灭菌程序的进行过程中，通常会通过快速冷却装置将灭菌器腔体内甚至夹套内派出的蒸汽进行迅速冷却。
在整个抽真空及热交换器冷却过程中需要消耗大量的水，此处的用水应该根据灭菌器生产厂家所提出的设备安装介质要求，通常情况下要求使用软化水。如洁定蒸汽灭菌器HS66系列冷却用软水的硬度要求低于4dH（0.7mmol/l）。