纯化水管道系统中的贮罐及输送管道在日常运行过程中，少量的微生物等会随着水的流动而流动，附着在一些阀门和管道上繁殖，从而会对药品的生产带来污染。为了保证药品生产安全，必须对纯化水管道进行清洗、消毒操作，以使纯化水水质达到质量标准。
纯化水系统贮罐及不锈钢管道的处理(清洗、钝化，消毒)分为纯化水循环预冲洗→碱液循环清洗→纯化水冲洗→钝化→纯化水再次冲洗→排放→消毒。
在管道的清洗、钝化和消毒时，不得安装紫外灯及除菌滤器过滤介质，不得安装呼吸器。
1、纯化水循环预冲洗
● 启动制水系统，待纯水箱内注入约500L纯化水时，启动纯水泵加以循环，15mim后打开各使用点用水阀，边循环边排放，待纯水箱内纯水降到低位时，关闭纯水泵，全开纯水箱排空阀及各使用点阀，排尽纯水箱内积水和管道积水后，关闭纯水箱及纯水管道上所有的用水点阀门。
2、碱液清洗
● 启动制水系统制取纯水（不得将制取的纯水注入纯水箱内），在清洗箱内注入约250L纯化水，加入2.5公斤NaOH（化学纯试剂），搅拌均匀，使其成为1％的NaOH溶液，用清洗泵输送到纯水贮罐。按以上配制方法，重复一次1%NaOH溶液配制后，通过清洗泵输送到纯水贮罐内，此时纯水贮罐内的1%NaOH清洁液的体积应有500L。
● 开启纯化水泵，使1%NaOH清洁液在纯化水箱及输送管道内进行循环2H，打开纯化水管道上各使用点阀，排放约3分钟，对阀门处进行清洗。全开纯水箱排空阀，全开各使用点阀，排尽纯水箱及管道内清洗液。
● 清洗液排放完毕后，关闭纯水箱及各用水点阀门，准备纯化水冲洗。
3、纯化水冲洗
● 启动制水系统，将二级反渗透淡水同时注入配制碱液的清洗箱内和纯水箱内，并通过清洗泵，将清洗箱内的纯水输送到纯水箱内，使对清洗箱进行清洗。
● 待纯水箱内的纯水到中位时，启动纯水泵，对贮罐和管道循环冲洗30分钟后，将纯水输送管道各使用点用水阀同时打开，使其处于半开启状态，使纯水对阀门处进行清洗3分钟，关闭纯水泵，打开纯水贮罐排污阀和各使用点阀门进行排空。
● 排空后，继续制备纯化水按以上相同冲洗方法对贮罐和管道进行循环冲洗、排放，直至纯水贮罐进水PH、电导率和纯水贮罐PH、电导率及总送、总回PH、电导率相一致结束。
● 冲洗结束后，应对纯水箱及各使用点阀门全部开启进行排空，排空结束后，关闭纯水箱及管道所有使用阀门，准备钝化。
4、钝化
● 准备一只配硝酸贮罐及水泵，并将管道与纯水箱顶部的喷淋球连接，二级反渗透淡水与配酸罐连接。
● 开启制水系统，制取纯水到配酸罐内（严禁纯水进入纯水箱内），投入硝酸（化学纯试剂）配制8％的酸液500L，启动水泵，使酸液全部输送到纯水箱内。
● 开启纯水泵，使8％的酸液在纯化箱及输送管道内循环2H，并通过纯水箱顶部的喷淋球作用，使硝酸液对纯水箱的内表面进行钝化。
● 在以上酸液对纯水管道循环2H内，半开纯化水管道上各使用点阀，排放约10分钟，使硝酸液对阀门处进行钝化。
● 循环时间结束后，关闭纯水泵，全开纯水箱排空阀，全开各使用点阀，排尽纯水箱及管道内钝化液。
● 启动制水系统，制取纯水入纯水箱约在中位时，开启纯水泵，对贮罐和管道循环冲洗30分钟后，将纯水输送管道各使用点用水阀同时打开，使其处于半开启状态，使纯水对阀门处进行清洗3分钟，关闭纯水泵，打开纯水贮罐排污阀和各使用点阀门进行排空。
● 排空后，继续制备纯化水按以上相同冲洗方法对贮罐和管道进行循环冲洗、排放，直至纯水贮罐进水PH、电导率和纯水贮罐PH、电导率及总送、总回PH、电导率相一致结束。
● 冲洗结束后，应对纯水箱及各使用点阀门全部开启排空，纯水箱及管道排空积水后，关闭纯水箱及管道所有阀门，准备消毒。
5、纯化水再次冲洗
● 重复第③步
6、排放
● 排放
7、消毒
● 3%双氧水配制：开启制水系统，制取纯化水进入清洗箱内（严禁进入纯化水箱内），注入纯水(250L)，在清洗箱内加入30%50L双氧水，配制成6%的双氧水溶液后，通过清洗泵输送到纯水贮罐。输送完毕后，再在清洗箱内注入纯水(200L)，输送到纯水贮罐内，使纯水贮罐内的双氧水浓度为3%，体积为500L。
● 消毒：开启纯水泵，使3%双氧水消毒剂在纯水箱及管道内循环30分钟，并通过喷淋球对贮罐内壁循环消毒。
● 消毒剂排放：3%双氧水循环结束后，打开纯水各使用点阀门，使其处于半开启状态，使消毒液对阀门处进行消毒，直致消毒液排尽。（无法排尽消毒液时，应关闭纯水泵，打开纯水贮罐的排污阀将消毒液排尽）。
● 纯水最终冲洗：启动制水系统制备纯水入纯水贮罐中位时，启动纯水泵，对贮罐和管道循环冲洗30分钟后，打开纯水贮罐排污阀和各使用阀进行排空。
● 排空后，继续制备纯水输送到纯水贮罐中位，按以上冲洗方法对贮罐和管道进行循环冲洗、排放，直至二级反渗透淡水、纯水贮罐、总送、总回PH、电导率符合标准要求为结束。