农村环境综合整治是一项涉及面广、任务重的系统工程，在综合整治中，应统筹兼顾，突出重点，从思想道德教育的开展、农民文明意识的养成、管理制度的健全和村规民约的完善等方面着手，逐步建立农村环境综合整治长效机制，全面改善农村生态环境。笔者建议如下:
    科学规划，加大对农村环境综合整治的指导力度。要抓紧编制农村环境综合整治规划，立足本地实际，与农业产业结构调整紧密结合，与促进农民生产生活方式转变紧密结合，与镇村布局和村庄建设规划紧密结合，统筹推进实施。要紧紧抓住规划这个“牛鼻子”，通过落实项目、资金，推进环境整治，解决农村突出环境问题。
    清洁水源，突出抓好饮用水水源保护。加强组织协调，集中各方力量，全面开展县、乡、村集中式饮用水水源地的污染整治工作，切实提高农村饮用水水源的安全保障能力。因地制宜地探索符合农村实际的低成本、高效率的污水处理方式，完善农村生活污水处理设施，逐步建立农村生活污水处理系统。采用氧化塘、人工湿地、地埋式生活污水净化池、生物技术、土地利用、沼气工程等适宜处理技术。
    清洁村庄，强化农村生活污染治理。完善户集、村收、镇处理的运行体系，农村垃圾集中收集处理实现全覆盖。提高农村生活垃圾集中收集处理率，并试行农村生活垃圾分类收集。农村中小企业产生的工业废物、危险废物纳入当地危险废物集中收集处置系统；农村医疗废物统一纳入城市医疗废物收集处置系统。开展生态示范区、环境优美乡镇和生态村创建活动，通过开展农村环保创建推进农村环境综合整治，改善农村面貌。
    清洁生产，科学开展农业面源污染防治。按照农业技术生态化、农业生产清洁化的要求，大力发展高效、生态和安全农业。积极实施农业标准化，推广测土配方施肥等技术，引导农民科学使用化肥、农药、饲料、兽(渔)药等农业投入品，推动无公害农产品、绿色食品和有机食品的规模化生产。切实加强畜禽养殖污染防治工作，在重点流域区域及饮用水水源地等生态敏感区划定畜禽禁养区，确保畜禽养殖场的选址、布局达到环境保护的要求。
    优化布局，着力提高乡镇工业污染防治水平。要推进乡镇企业集中布局、集约发展。乡镇企业要加快向各类工业园区和工业集中区集中，实行污染集中控制、集中处理、集中监管，避免出现村村点火、到处冒烟现象。
    统筹协调，切实加强农村环保管理能力建设。农村环境整治重在建设，难在管理。因此，必须正确处理集中性整治与经常性管理的关系，逐步建立和形成农村环境整治管理长效机制。加强对整治工作的考核，健全管理目标责任制。积极探索村民自主管理的途径，组织引导农村干部群众参与管理，通过完善村规民约、聘请义务监督员等方法，加强巡查，及时管护，为全面改善农村生态环境提供有力保证。